Эта история рассказывает о девочке-волшебнице Акко. Хотя, называть ее волшебницей будет не совсем правильным. Выросла она в обычной семье, так что магии ее с детства никто не учил и никаких способностей у нее нет. В академию Акко пришла воодушевленная магическим представлением, которое увидела в детстве. Надеясь на интересные и веселые занятия, она поступает в академию «Новая Луна», однако большинство ее уроков — это лишь теория: чтение книг, лекции, записи и почти никаких практических занятий, что явно не по душе начинающей ведьмочке. Однажды ее класс отправляется в лабиринт для поиска редких предметов по заданию учителя. Прогуливаясь по коридорам подземелья, Акко слышит крик и, конечно же, сразу бросается на помощь. Спустя некоторое время, благодаря своей подруге-алхимику, она находит новую, еще неизведанную часть лабиринта. Монстры? Древние артефакты? Магические загадки? Все нужно найти, узнать и посмотреть, нельзя стоять на месте, ведь это шанс показать себя и наконец-то добиться успехов в колдовстве.

Примечание: «Академия ведьмочек» — одна из четырех аниме-работ, которые получили 38 миллионов иен (около 480 тысяч долларов) из "Проекта подготовки молодых аниматоров 2012».