В 2015 году Ангелы, могущественные инопланетные военные машины гигантских размеров, появились в Токио во второй раз. Единственная надежда всего человечества — Евангелионы, человекоподобные боевые машины, разработанные «NERV», спецагентством ООН. Способные противостоять любым атакам Ангелов, Евангелионы имеют одну особенность — управлять этими роботами способно ограниченное число человек.
Лишь горстка подростков 14 лет, рождённых спустя 9 месяцев после прибытия Ангелов, способна взаимодействовать с Евангелионами. Одним из таких пилотов является Синдзи Икари, чей отец возглавляет команду «NERV», которая разрабатывает и развивает Евангелионов. Брошенный в омут битвы и событий, которых он не понимает, главный герой вынужден обратиться к глубинам своих собственных сил и мужества, чтобы не только сражаться, но и выжить или потерять всё.
